Department of Microbiology

Permanent URI for this collection

Browse

Recent Submissions

Now showing 1 - 5 of 16
  • Item
    Whole Genome Sequence of Madurella mycetomatisthe Major Cause of Black-Grains Mycetoma
    (University of Khartoum, 2020) Elshiekh Babiker Adam Khidir
    Abstract Background: Madurellamycetomatis is a dematiaceous fungus responsible of most of black grains eumycetoma worldwide. Eumycetoma is a chronic infection of the cutaneous and subcutaneous tissue mostly seen in tropical and subtropical countries. Eumycetoma infected mostly the feet and may lead to severe disability and deformity. M. mycetomatis usually found in arid and hot climate zones in tropical and subtropical regions of Central and East Africa, Asia and South and Latin America. The natural habitat of M. mycetomatis is not well understood, but there is classical hypothesis suggesting that etiologic agents are traumatically introduced through thorn-pricks with soil contaminated by fungi. Based on rDNA small subunit and Internal Transcribed Spacer sequencing data, M. mycetomatiswas found belongs to the ascomycete order Sordariales, which is close related to Chaetomium thermophilum. The present study aims to sequence the whole genome of M. mycetomatisclinical isolates. Whole genome sequence data will provide useful information for better understanding of pathogenesis, pathogenicity and epidemiology for this important fungal species. Methods: Four M. mycetomatisclinical isolates were sequenced. The isolates included in this study were three isolates from the from Mycetoma Research Center , University of Khartoum, Sudan. In addition to the three clinical isolates, reference strain M. mycetomatistype strain CBS109814 from the Westerdijk Institute (formerly, Fungal for fungus Culture), Utrecht, The Netherlands was also sequenced. :Illumina sequencing kit version 3 was used for sequencing of the fungal isolates using Illumina MiSeq platform, which generated enough sequence reads to cover the entire genome of M. mycetomatis, which is expected to be around 40 MB. Results: A total of 23.4 million reads were generated by the sequencing machine. Sequences reads were tested for quality using FastQC and assembled using SeqManNGen. The average segueing coverage was 34X and the average quality of assembled sequencing were 34 according to Phred score. The number of contigs were ranging from 5,814 to 16,963 bp. The average number of protein coding sequences in M.mycetomatis was found to be 11,500coding sequence. In comparison to previously published genome of M. mycetomatisstrain MM55, SNPs numbers were found to be around 50K in all sequenced isolates. However, the average number of InDel were found to be different in different strains. Conclusion: The current study provided big available publicly data for the mycetoma scientific community for further comparative genomics study for better understanding of the biology of this important fungus. المستخلص خلفية: فطر المادورلا مايتوماتسهو فطر داكن مسؤول عن معظم حالات الماستوما الفطرية ذات الحبيبات السوداء في جميع أنحاء العالم. الماستوما هي ورم فطري التهابي مزمن في النسيج الجلدي وتحت الجلدي وهو مرض مستوطن في البلدان المدارية وشبه المدارية. تكون الإصابة بهذا المرض الفطري عادة بالقدمين في الغالب و مما يؤدي إلى إعاقة حادة مع تشوهات. تعيش هذه الفطريات عادةً في المناطق القاحلة الحارة ذات المناخ المداري وشبه المداري في وسط وشرق إفريقيا وآسيا وجنوب أمريكا اللاتينية. المناطق الطبيعة اللتي تعيش فيها الفطريات المسببة للمايستوما غير معروفة على وجه التحديد ولكن هناك نظرية كلاسيكية تشير ان العامل الرئيسي في انتقال هذه الفطريات هو عن طريق وخز الاشواك الملوثة بالتربة والفطريات. استنادا الي تحليل وتسلسل الاحماض النووية المصنعة للرايبوسوم وجد ان هذه الفطريات تنتمي الى عائلة الفطريات الزقية تحت رتبة السورداريات ويرتبط فطر المادورلا مايتوماتس بعلاقة وثيقة مع فطر الشيتوميوم سيرموفيلك . تهدف هذه الدراسة إلى معرفة تسلسل الجينوم الكامل للعزلات السريرية لفطر المادورلا مايتوماتس المسئول الرئيسي عن مرض المايستوما ذو الحبيبات السوداء. سوف توفر بيانات تسلسل الجينوم الكامل معلومات مفيدة لفهم أفضل لمرض المايستوما وطرق انتقاله وكيفية حدوث المرض داخل جسم الانسان بالاضافة لمعرفة وبائية الميكروب. الطرائق: شملت هذه الدراسة ثلاث عزلات سريرية من هذه الفطريات والتي تم عزلها سابقا من مركز ابحاث المايستوما، جامعة الخرطوم ، السودان . بالإضافة الي هذه العزلات الثلاث تم اجراء تسلسل الحمض النووي ايضا لسلالة سريرية اخري من معهد وسترديج – يوتريخت -هولندا ذات الرقم المرجعي سي بي اس 109814. تم استخدام جهاز الالومينا مع محاليل ذات الاصدارالثالث والتي انتجت قراءات تسلسلية كافية لتغطية كامل الجينوم لهذه الفطريات الذي يقدر حجمها حوالي 40 ميغابايت بعدد من السلاسل الجينية تصل الي 23.4 مليون وحدة. تم اختبار جودة السلاسل النووية عن طريق إختبار"الفاست كيوسي"ومن ثم تجميعها بواسطة برنامج "سكمان انجن". النتائج: .كان متوسط تغطية التسلسل 34 مرة مع متوسط جودة للسلاسل 34 وفق لمعيار"فريد". بينما كان عدد القطع الجينية يتراوح من 5814 الي 16963 ومتوسط عدد تسلسل ترميزالبروتين كان 11500 لهذه السلالات. و بالمقارنة مع جينوم اخر من نفس هذه السلالة ذات الرقم ام ام 55 تم نشره سابقا وجد ان عدد ال الاختلافات المنفردة حوالي 50 ك في جميع العزلات المتسلسلة. . ومع ذلك ، وجد أن متوسط عدد الاضافات والسلاسل المحذوفة مختلف فيما بينالسلالات المختلفة. الخلاصة: هذه الدراسة قدمت بيانات واضحة كبيرة متاحة للمجتمع العلمي لمزيد من البحث والدراسة لجينوم هذا النوع من الفطريات مناجل فهم افضل لهذا النوع من الفطريات المهمة من الناحية الطبية.
  • Item
    Identification and Genetic Characterisation of Coagulase Negative Staphylococcus Species Isolated from Raw Bovine and Caprine Milk
    (University of Khartoum, 2019) Ahmed Bashir Ahmed Omer
    Abstract Methicillin resistant (MR) coagulase negative staphylococci (CNS) are potential animal and human pathogens and are regarded as reservoir of the methicillin resistance genes, which they transfer to methicillin sensitive Staphylococcus aureus strains. This study was carried out mainly to identify CNS isolated from raw milk of cattle and goats and to investigate the presence of methicillin resistance gene (mecA) in these isolates. Fifteen staphylococcal isolates were the subject of investigation in this study. They were originally identified as CNS by another parallel study during bacteriological screening for S. aureus in samples of raw bovine milk (13 CNS isolates out of 100 samples) and raw caprine milk (2 CNS isolates out of 100 samples). The isolates were subjected firstly to identification by conventional bacteriological methods guided by the Flow Chart for Identification of Staphylococcus Species. DNA extracted from the CNS isolates was subjected to PCR amplification of the tuf gene using specific primers for staphylococci followed by partial sequencing of the PCR products to confirm the identity of the isolates. By both conventional bacteriological and molecular biological methods, 8 species of CNS were identified, 6 of which were from bovine milk, viz., Staphylococcus chromogenes (N=4), S. xylosus (N=2), S. equorum (N=2), S. haemolyticus (N=2), S. epidermidis (N=1), S. nepalensis (N=1) and S. capitis (N=1). The two caprine isolates were identified as S. simulans and S. lentus. All identified isolates were negative for DNA amplification by primers specific for the methicillin resistant gene known for staphylococci (mecA), except S. simulans, which was mecA positive. Phylogenetic trees constructed based on partial tuf gene sequence of the identified isolates showed that most of these isolates were closely related to other strains isolated worldwide. In conclusion, the Flow Chart for the Identification of Staphylococcus species was found to be precise in identification of the staphylocci included in this study when compared with PCR and sequencing of the tuf gene. Further evaluation of this chart using other Staphylococcus species is recommended.   المستخلص المكورات العنقودية السالبة لإنزيم التخثر(CNS) المقاومة لعقار المثيسيللين (MR) هي جراثيمٌ ممرضةٌ محتملةٌ للإنسانِ والحيوانِ، و تُعتبرُ خازناً لمورثات مقاومةً المثيسللين، التي تنقلها الي عترات المكورات العنقودية الذهبية ذات الحساسية للمثيسيللين. أجريت هذه الدراسة أساساً للتعرف علي المكورات العنقودية السالبة لإنزيم التخثر، المعزولة من حليب الأبقار و الماعز الخام، و للكشف عن مورثة المقاومة للمثيسيللين (mecA) في هذه العزلات. كان موضوع الدراسة 15 عزلة من المكورات العنقودية - التي عزلت أساساً في دراسة أخري موازية أثناء مسح بكتيري للمكورات العنقودية الذهبية في حليب الأبقار (13 عزلة من 100 عينة) و حليب الماعز (عزلتان من 100 عينة). أخضعت العزلات أولاً للتعريف بالطرق البكتيرية التقليدية مسترشداً بالمخطط الإنسيابي للتعرف علي المكورات العنقودية. أخضع الحمض النووي الرايبوزي منزوع الأكسجين (DNA) المستخلص من عزلات المكورات العنقودية السالبة لإنزيم التخثر لتفاعل إنزيم البلمرة السلسلي (PCR) لأجل مضاعفة مورثة تاف (tuf) باستخدام بادئات خاصة بالمكورات العنقودية، و أُعقبت بقراءةٍ جزئيةٍ للشفرة الوراثية لنواتج تفاعل البلمرة السلسلي لتأكيد هُوِيَّةِ العزلات. عُرفت 8 أنواع من المكورات العنقودية السالبة لإنزيم التخثر بإستخدام كلتا الطريقتين التقليدية و الجزيئية، 6 منها كانت من حليب الأبقار الخام، و هي: المكورات العنقودية الملونة (العدد=4)، و المكورات العنقودية البطيئة (العدد=1)، و المكورات العنقودية الخيلية (العدد=2)، و المكورات العنقودية الخشبية (العدد=2)، و المكورات العنقودية حالة الدم (العدد=1)، و المكورات العنقودية البشروية (العدد=1)، و المكورات العنقودية النيبالية (العدد=1). و عرفت عزلتا حليب الماعز الخام بأنهما المكورات العنقودية المشابهة، و المكورات العنقودية النيبالية. كانت كل العزلات سلبية لمورثة مقاومة المثيسيللين المعروفة في المكورات العنقودية (mecA) باستثناء المكورات العنقودية المشابهة، فقد كانت موجبة. أظهرت الشجرة الوراثية لعزلات المكورات العنقودية التي أُنْشِأتْ بناءً علي قراءةِ مورثةِ تاف (tuf) أن معظم هذه العزلات ذوات درجة قربي كبيرة للعترات الأخري المعزولة من أنحاء االعالم. أخيراً وجد أن المخطط الإنسيابي لتعريف أنواع المكورات العنقودية قد كان دقيقاً في التعرف علي المكورات العنقودية التي تضمنتها هذه الدراسة عند مقارنته بتفاعل إنزيم البلمرة السلسلي و قراءة الشفرة الوراثية لمورثةِ تاف. يوصي بتقويم آخر لهذا المخطط باستخدام أنواع المكورات العنقودية الأخري.
  • Item
    Patterns of Hepatitis B Virus Genotypes Among Sudanese With Chronic Hepatitis B Virus Infection
    (University of Khartoum, 2018) Eman Yassin Salih Adam
    Background: Hepatitis B virus (HBV) infection is a global health problem that usually cause chronic liver infection with progression to liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma, Chronic HBV infection affects more than 240 million people worldwide of which 65% million reside in Africa. Sudan is classified among the countries with high hepatitis B surface antigen prevalence. HBV is a members of the hepadnaviridae family, its small circular DNA genome contain genes for antigenic components including hepatitis B surface antigen (HBs Ag), hepatitis B core antigen (HBc Ag) and hepatitis B e antigen (HB e Ag). Design: This was a prospective, cross-sectional and analytical study. Settings: Institute of Endemic Diseases, University of Khartoum, Khartoum, Sudan. Samples were collected from blood donor units, blood banks, Central Blood Bank, Khartoum, Gadaref and Kasala states. Objectives: to determine genotypes and genetic variants of HBV among Sudanese HBs Ag reactive individuals / patient from different geographic site in Sudan in central and eastern states. Materials and Methods: Five hundred and thirty five samples were taken from HBV patients and consenting blood donors/patient from central and eastern states, Sudan. Sera were tested for HBs Ag using Rapid Immuno-chromatographic (ICT)/ELISA. DNA was extracted from serum samples using the guanidine extraction method. DNA samples were amplified by nested/ multiplex PCR for detection of genotypes A-F. In the first round, universal outer primers, two second round PCR reactions were performed using universal inner primers specific for genotypes A-C and another set that identifies genotypes D-F. The products of the second round were then run on an a agarose gel electrophoresis system and compared to a 50bp DNA ladder to determine the different HBV genotypes. Results: All samples were reactive in Rapid Immuno-chromatographic (ICT)/ELISA tests and had HBV DNA traces in their sera. The majorities (454/535; 85%) of the samples were identified as genotype A. Ten percent (54/535) were identified as genotype E, while three percent (3%, 15/535)were identified as genotype, while2%(12/535) showed multiple recombination of genotype A,E&D. Genotypes D and E were always detected combined with genotype A. Mixed genotypes were detected in Eastern Sudan samples. Conclusion: HBV genotype patterns in Sudan showed a mixture of A, D and E genotypes separately or in recombination reflecting previous and ongoing migration waves from surrounding territories. ستخلص الدراسة: المقدمة:عدوى فيروس التهاب الكبد B (ب) هي مشكلة صحية عالمية عادة ما تسبب التهاب الكبد المزمن مع التقدم إلى تليف الكبد وسرطان الكبد, وتؤثر العدوى المزمنة بفيروس الالتهاب الكبدي الوبائي على أكثر من 240 مليون شخص في أنحاء العالم يعيش 65٪ منهم في أفريقيا. ويصنف السودان بين البلدان ذات الانتشار المرتفع لمستضدات التهاب الكبد B(ب). الفيروس صغير في التركيبة مزدوج الحمض النووي من افراد عائلةhepadnavirida)) . يحتوي جينومه (DNA )الصغير على جينات لمكونات مستضدية بما في ذلك مستضد التهاب الكبد B (Hbs Ag) ومستضد التهاب الكبد B (HBc Ag) ومستضد التهاب الكبد B (Hbe Ag .) التصميم: هذه دراسة مستقبلية، مستعرضة وتحليلية. وقد أجريت في معهد الأمراض المتوطنة. جامعة الخرطوم، الخرطوم، السودان. تم جمع العينات من ولايات وسط وشرق السودان. الأهداف: لتحديد الأنماط الجينية والتغيرات الجينية لفيروس الالتهاب الكبدي الوبائي بين الأفراد المصابين بمرض HBVالمتبرعين / المرضي من مواقع جغرافية مختلفة في السودان في الولايات المركزية والحدودية المواد والطرق: تم أخذخمسمئة وخمسة وثلاثون عينة من مرضى التهاب الكبد الوبائي و المتبرعين بالدم من الولايات الوسطى والشرقية في السودان. تم اختبار الامصال ل HBs Agباستخدام الفحص المناعي السريع الكروماتوغرافي (ICT) / إليسا(ELISA) .تم استخراج الحمض النووي من مصل العينات باستخدام طريقة غوانيدين(Guanidine). تم تضخيم عينات الحمض النووي عن طريق تفاعل متسلسل البوليميرات المتداخلة / المتعدد للكشف عن الأنماط الجينية منA-F. التفاعل الأول، كان باستخدام البرايمرات الخارجية ، التفاعل الثاني كان باستخدام البرايمرات الداخلية المحددة الأنماط الجينية A-Cومجموعة أخرى تحدد الأنماط الجينيةD-F. ثم تشغيل المنتجات من التفاعل الثاني على نظام الهلام الكهربائيAgarose))ومقارنة النتائج مع سلم الحمض النوويbp 50 لتحديد الانماط الجينيه المختلفة لHBV. X النتائج: كانت جميع العينات متفاعلة في الاختبارات السريعة المناعية - الكروماتوغرافية (ICT / ) ELISAوكانت لها آثار HBVفي مصلها. تم تحديد الغالبية (454/535؛ 85٪) من العينات على أنها النمط الجيني A. تم تحديد عشرة في المئة (54/535) على أنها النمط الوراثي E، في حين أن ثلاثة في المئة (3 ،٪ 15/535). تم تحديدها على أنها النمط الوراثي D. (2%, 12/535) اثنين في المئة اظهرت تراكيب متعددة من الانماط الجينيةA, D&E .تم الكشف عن الأنماط الوراثية D / E دائما جنبا إلى جنب مع النمط الجيني A. اظهرت النتائج ان العينات ذات التراكيب المتعددة الاكثر انتشارا في الولايات الشرقية. الخلاصة: أظهرت الانماط الجينية لفيروس التهاب الكبد B في السودان خليطا من الأنماط الجينية A و D و E بشكل منفصل أو مركبة والتي تعكس موجات الهجرة السابقة والجارية من المناطق المحيطة
  • Item
    Genotypic and Phenotypic Methods for Detection of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus
    (University of Khartoum, 2017) Amel Hassan Ahmed Zaroug Elradi
    Back ground: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a global public health problem. MRSA strains are frequently resistant to different class of antibiotics. Multi drug resistance among MRSA is a matter of concern for professional health workers worldwide. Therefore, an accurate detection of MRSA in microbiology laboratory is essential and of high value for patient management and epidemiological purpose including hospital infection control. The present study was undertaken to compare various phenotypic methods including antimicrobial resistance tests (oxacillin disc diffusion, Cefoxitin disc diffusion and E-test Minimum Inhibition Concentration (MIC) oxacillin for detection of MRSA), comparing to the Genotypic methods by using Polymerase Chain Reaction (PCR) technique as gold standard method. Materials and Methods: One hundred strains of S. aureus clinical isolates were used in the study. PCR for the presence or absence of the mecA gene and routine antibiotic susceptibility testing were performed including oxacillin (1µg), Cefoxitin (30µg), Amoxicillin (25µg), Erythromycin (15µg), Cefotaxime (30µg), E-test MIC oxacillin. All the isolates were tested for antibiotic susceptibility testing using kirby bauer disc diffusion method against a predefined panel of antimicrobials, and interpretation was done according to Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) guidelines. Results: Out of the 100 Staphylococcus aureus clinical isolates, 40 mecA gene positive and 60 mecA gene negative by PCR. Cefoxitin (30µg) disc diffusion test showed 97.5% sensitivity and 100% specificity while Oxacillin (1µg) disc diffusion test showed 92.5% sensitivity and 100% specificity. The resistance percentage of MRSA isolate to Amoxicillin (25µg), Erythromycin (15µg), and Cefotaxime (30µg) was 92.5%, 82.5%, 90% respectively. E-test MIC oxacillin showed 92.5% sensitivity and 100% specificity. Conclusion: Results of Cefoxitin disc diffusion test is in concordance with the PCR for mecA gene. Thus, the test can be an alternative to PCR for detection of MRSA in resource constraint settings. لخلفية: المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسلين (م.ر.أس.أ) هي مشكله صحيه عامة عالمية. وكثيرا ما تكون (م.ر.أس.أ) مقاومة للمضادات الحيوية. تعدد مقاومة دواء مضادات الميكروبات ما بين(م.ر.أس.أ) يشكل هما وقلقا علي العاملين في مجال الصحة المهنية في جميع انحاء العالم. ولذلك ؛ الكشف الدقيق (م.ر.أس.أ) في معمل الاحياء الدقيقة ضروري وذات قيمة عالية لإدارة المرضي والاوبئة وبما في ذلك السيطرة علي العدوي بالمستشفيات. هذه الدراسة قامت بمقارنة مختلف الاساليب الوصفية بما في ذلك اختبارات مقاومة مضادات الميكروبات (نشر القرص اوكسثيلين ,نشر القرص سيفوكستين ) وإختبار (إ) لتركيز الحد الادني لتثبيط اوكسثلين للكشف عن (م.ر.أس.أ) مقارنة بالأساليب الجينية باستخدام طريقة ( تفاعل البلمرة المتسلسل ) وإستخدامه كأسلوب المعيار الذهبي. منهجية البحث: مئة سلالة من المكورات العنقودية الذهبية المعزولة سريريا، التي استخدمت في الدراسة .أختبرت بواسطة تفاعل البلمرة المتسلسل لوجود او غياب الجين ميغ أ (طريقة المعيار الذهبي ) والاختبار الروتيني لحساسية المضادات الحيوية تضم الاوكسثيلين (١مغ) سيفوكستين (٣٠مغ) اموكسيثلين (٢٥مغ) الايرثرومايثين (١٥مغ) سيفوتاكسيم (٣٠مغ) ،اختبار إ لتركيز الحد الادني لتثبيط اوكسيثلين . كل العينات المعزولة تم اختبارها لحساسية المضادات الحيوية بطريقة كيربي بير لنشر القرص المحددة مسبقا في الجدول لمضادات المكروبات وتفسيرها وفق معهد المعايير السريرية والمختبرية. النتائج: من بين ١٠٠ من المكورات العنقودية الذهبية المعزولة سريريا ؛٤٠ منها إيجابية للجين ميغ أ و٦٠ منها سلبية للجين ميغ أ بواسطة تفاعل البلمره المتسلسل. في إختبار نشر القرص السيفوكثيتين (٣٠مغ) أظهرت حساسية ٥,٩٧% وتحديد ١٠٠%. بينما في اختبار نشر القرص الاوكسيثلين (١مغ) أظهرت حساسية٥,٩٢% وتحديد ١٠٠%. النسبة المئوية لمقاومة (م.ر.أس.أ) الاموكسيثلين (٢٥مغ) ؛الايرثرومايثين (١٥مغ) سيفوتاكسيم (٣٠مغ) كان ٥,٩٢% ؛٥,٨٢% ؛٩٠% علي التوالي . إختبار إ لتركيز الحد الأدنى للتثبيط اوكسيثيلين أظهرت حساسية ٥,٩٢% وتحديد ١٠٠ % . الخلاصة: تتوافق نتائج اختبار نشر القرص سيفوكسيتين مع اختبار تفاعل سلسلة البوليمرات. وهكذا يمكن ان يكون الاختبار بديل لاختبار سلسلة البوليمرات في اعدادات مصارد القيد
  • Item
    Bacteriological and Serological Diagnosis of Streptococcal Pharyngitis in Eddwayim Town
    (University of Khartoum, ) Alaa Elwaseela Ahmed ; Elamin Mohamed Ibrahim ; Medical Microbiology
    Background: Streptococcal pharyngitis is a common bacterial infection worldwide especially among children. Repeated and untreated infection can lead to serious complications. This infection is common in Eddwayim Town and the only method used for diagnosis of this condition is the titration of antibodies against streptolysin O. “ASO titer” although this test is not a good diagnostic tool in many condition and may give false result in some cases. The main objective of this study was to use different bacteriological and serological tests for diagnosis of Streptococcal pharyngitis in Eddwayim Town. Method: A cross-sectional study done in Eddwayim Teaching Hospital, ENT department during the period from March to September 2016. One hundred and twenty two participants were included in this study regardless of their age .Two throat swabs and one blood sample were collected from each participants , one for culture using standard techniquesforisolation and identification of streptococcus group Aand other Beta hemolytic streptococci groups. The other swab for antigen detection of Streptococcus group A. Theblood sample was used fortitration of Anti Streptolysin O qualitatively and quantitatively and for C-Reactive Protein titration qualitatively. Results: From the 122 samples collected from patients with tonsillitis, streptococcus pyogenes group Awas isolated from 5 samples (4.09%) group B streptococci was isolated from 8 patients (6.6%) group C streptococci was isolated from 28 of patients (22.95%) group D streptococci was isolated from 6 patients (4.9%) group F streptococci was isolated from 44 of patients (36.06%) and group G streptococci was isolated from 22 of patients (18.03%). The result of antimicrobial sensitivity test showed that all Group A Streptococci isolates were sensitive to penicillin and Ampicillin. Other groups showed resistant to penicillin and Ampicillin and varied sensitivity to the remaining antibiotics. Streptococcal group A antigen was detected in 32 (26.32%) of 122patients, included all GAS isolates. The result of ASO test showed that 43 (35.2%) patients had ASO titer more than 200 iu qualitatively, whereas number of patients showing ASO titer more than 200, 300, and 500iuwere 8 (47.06%), 7(41.17%) and 2 (11.76%) quantitatively. The quantitative result of ASO showed that 17 had significant titer ,more than 200iu/ml.The CRP titre positive for thirty six of patients (29.05%) 43 of 122 had significant rise in ASO titre, and 18 (47%) of 36 of high positive CRP correlated with positive ASO. Conclusion: Streptococcus group A may not be the only cause of streptococcal pharyngitis. Also group F and C may be included. ASO determination doesn’t discriminate between the acute infection and the previous one.ASO titer for most patients is less than 200 iu/ml. GAS remains 100% sensitive to benzyl penicillin. Rapid antigen detection test for GAS with centor criteria is very helpful. C-reactive protein determination is beneficial at time of acute visit. الخلفية: التهاب البلعوم عدويبكتيرية شائعة في كل العالم خصوصا بين الأطفال. الإصابة المتكررة وغير المعالجة ممكن أن تؤدي إلي مضاعفات خطيرة. هذا المرض شائع في مدينة الدويم والطريقة الوحيدة لتشخيص هذهالحالة هو معايرة الأجسام المضادة للحالة العقدية."معايرة الحالة العقدية" بالرغم من أنهذا الفحص ليس أداة جيدة للتشخيص في العديد من الحالات ويمكن أن يعطي نتيجة خاطئة في بعض الحالات.الهدف الرئيسي من هذه الدراسة كان استخدام اختبارات مختلفة بكتيرية ومصليه لتشخيص التهاب الحلق في مدينة الدويم. الطريقة: هذه الدراسة المقطعية أجريت في مستشفي الدويم التعليمي وحدة الأنفوالأذنوالحنجرة في الفترة مابين مارس إلي سبتمبر لعام 2016. 122 مشارك في هذه الدراسة بغض النظر عن أعمارهم جمعت منهم مسحتين من الحلقوعينة دم واحدةمن كل مشارك, احدي المسحات استخدمت للتزريع باستخدام تقنية قياسية لعزل وتحديد المكورات العقدية المجموعة أ والمجموعات العقدية الأخرى, والمسحة الأخرى لتحديد المستضد السريع للمكورات العقدية المجموعة أ. عينة الدم أستخدمت لمعايرة الحالة العقدية وتحديد البروتين المتفاعل ج. النتائج: من 122 عينة جمعت من 122 مريض بالتهاب الحلق عزلت المكورات العقدية المجموعة أ من 5 مرضي 4.09%, والمكورات العقدية المجموعة ب عزلت من 8 مرضي 6.6% , المكورات العقدية المجموعة ج عزلت من 28 مريض22.95% , المكورات العقدية المجموعة د عزلت من 6 مرضي 4.9%, المكورات العقدية المجموعة عزلت من 44 مريض 36.06% و المكورات العقدية المجموعة وعزلت من 22 مريض.03 18%. نتيجة اختبار حساسية المضادات أظهرتأن كل المكورات العقدية المجموعة أ حساسة للبنسلين والامبسيلين بنسبة 100%. المكورات العقدية من المجموعات الأخرىأظهرت مقاومة للبنسلين والامبسيلين وحساسية مختلفة لباقي المضادات الحيويةالأخرى.اختبار المستضد السريع للمكورات العقدية المجموعة أ وجد في 32 (26.32%) من 122 مريض,متضمنة كل المكورات العقدية المجموعة أ المعزولة.أظهرت نتيجة اختبار الحالة العقدية أن 43 (35.2%) مريض لديه معاير الحالة العقدية ايجابي اكثر من 200 وحدة دولية.من المرضي اظهروا معاير اكثر من 200, 300, 500 كانوا 8(47.06%) , 7(41.17%) , 2(11.76%) كمياً. النتيجة الكمية للحالة العقدية أظهرتأن 17 مريض لديهم معاير اكثر من 200 وحدة دولية. نتيجة معاير بروتين ج المتفاعل ايجابية ل 36 مريض 29.05%. 43 من 122 لديهم ارتفاع في معاير الحالة العقدية و 18 (47%) من 36 الذين لديهم ارتفاع ايجابي في البروتين المتفاعل ج بالتزامن مع الحالة العقدية الموجبة. الخاتمة: المكورات العقدية المجوعة أ من المحتمل أنها ليست السبب الوحيد لالتهاب الحلق,أيضا المكورات العقدية المجوعة ج والمجموعة ز يمكن أن تسببه.الأجسام المضادة للحالة العقدية لا يميز بين العدوي الحادة و الإصابة السابقة. معاير الحالة العقدية لمعظم المرضي اقل من 200 وحدة دولية.المكورات العقدية المجموعة أ تبقي حساسة للبنسلين بنسبة 100%.الفحص السريع للكشف عن المستضد للمكورات العقدية المجموعة أ مع المعايير مفيد جداً. البروتين المتفاعل ج مفيد في وقت الزيارة الحادة