Department of Microbiology

Permanent URI for this collection

Browse

Recent Submissions

Now showing 1 - 5 of 100
  • Item
    Characterization of Corynebacterium pseudotuberculosis from Infected Sheep
    (University of Khartoum, 2019-08) Almaani Omer Mohamed Mahmoud ; Mohammed Taha Abdalla Shigidi ; Department of Microbiology
    The aims of this study were to identify and characterize C. pseudotuberculosis isolates from infected sheep with caseous lymphadenitis using conventional bacteriological methods and molecular techniques. The protein bands of whole cell lysates of 16 isolates were determined in order to select a suitable strain to produce a local vaccine against the disease. Samples were collected from lesions in 88 slaughtered sheep in Al salam, Al kadaro and Karary slaughterhouses in Khartoum state.C. pseudotuberculosis was isolated from 50/88 (56.8%) of the samples. Lesions in lymph nodes of the slaughtered sheep were distributed as follows: prescapular 62(70.5%), parotid 5(5.7%), popliteal 4(4.5%), mediastinal 3(3.4%), mandibular 2(2.3%) and prefemoral 1(1.1%) lymph nodes. Abscesses were also noted in livers 5(5.7%), lungs 3(3.4%) and subcutaneous tissues, kidneys and spleens as 1(1.1%) each. Isolates were identified as C. pseudotuberculosis according to their morphology, staining reaction, cultural characteristics, biochemical reactions using conventional tests and API (Analytical Profile Index) kits and molecular techniques. The multiplex PCR examination of the 50 isolates using primers targeting the 16srRNA, rpoB, and pld C. pseudotuberculosis genes, confirmed that all 50 isolates were C. pseudotuberculosis when compared with the reference strain DSM20689. In order to confirm the mPCR results, one chosen isolate was submitted for further confirmation using singleplex PCR assay with specific primer pairs. It was found to contain the three C. pseudotuberculosis 16SrRNA, rpoB, and pld genes. The sequences were compared with previously published gene sequences of C. pseudotuberculosis strain PA08 in the NCBI database. High percentage identity (100%) was found for the submitted C. pseudotuberculosis chromosome. Sodium dodecyl sulphate poly acrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) revealed similarities and differences between 16 of the isolates; the protein bands were found to be similarwhen these isolates were compared with molecular weights of the reference strain GSM-20689 in their main, but differed in their minor protein bands. SDS-PAGE of the selected isolates revealed 12 bands with molecular weights at approximately 20 to 245 KD. Using molecular and SDS techniques, all C. pseudotuberculosis isolates were found to be homogenous and contained the major virulence factor phospholipase D(PLD).Three strains were used to study their pathogenicity in mice after subcutaneous inoculation. Corynebacterium pseudotuberculosis isolates produced lesions at the sites of inoculation and in the visceral organs which included the livers, kidneys and lungs. On histopathological examination, severe necrosis together with formation of microabscesses and early granulomas were noted. There was accumulation of inflammatory cells and infiltration of lymphocytes and macrophages. Histopathological lesions in infected mice were similar to those reported in sheep experimentally infected with C. pseudotuberculosis. Vaccination should constitute the main strategy to control caseous lymphadenitis of sheep in Sudan. This study confirmed that all strains of C. pseudotuberculosis were homogenous and contained the virulence factor phospholipase (PLD). On the basis of these findings, it’s recommended that C. pseudotuberculosis ((EL maani strain)) with the accession numbers of three genes: (ID: MG69244.0, ID: MG69244.1 , ID: MG69244.2)be considered as a candidate for vaccine production in the Sudan. المستخلص أھداف ھذه الدراسة تعریف ووصف عزلات البكتریا الوتدیة شبیھة السل الكاذب من الضأن المصابة بإلتھاب العقد اللمفیة التجبني بإستخدام الطرق الكیمیائیة التقلیدیة وتقنیات الإحیاء الجزیئیة. تم تحدید خطوط البروتین لعدد 16 عزلة بغرض إختیار العزلة المناسبة لإنتاج اللقاح المحلي ضد المرض. جمعت العینات من 88 آفة من الضان المذبوح من سلخانات السلام والكدرووكرري بولایة الخرطوم. عزلت البكتریا الوتدیة شبیھة السل بعدد 50 عزلة للبكتریا شبیھة السل الكا ذب من عدد 88 عینة بنسبة 56.8 % . آفات العقد اللمفیة ل أ ضن (%4.5) 5.7 %)والعقدة المأبضیة 4 ) 70.5 %) والعقدة النكفیة 5 ) المذبوح موزعة كالإتي: العقدة أمام اللوح 62 1.1 %).كما لوحظت الخراجات فى الكبد ) 2.3 %)وأمام الفخذ 1 ) 3.4 %) والعقدة الفكیة 2 ) والعقدة المنصفیة 3 1.1 %). تم تعریف عزلات ) 3.3 %) وتحت الجلد والكلى والطحال بنسبة 1 ) 5.7 %) والرئات 3 ) بنسب 5 البكتریا الوتدیة شب ه ية السل الكا ذب وف آ ق للشكل والصبغة وخصائص الزراعة والإختبارات الكیمیائیة وتقنیات الاحیاء الجزئیة . تفاعل البلمرة المتسلسل المتعدد لعدد 50 عزلة بإستخدام بادئات مستھدفة لثلاث جینات أكدت 50 عزلة ھي (pld,16sr RNA, rpoB ) متخصصة ل لبكتریا الوتدیة شبيه ة السل الكا ذب وھي بغرض تأكید نتائج تفاعل .(DSM البكتریا الوتدیة شب ه ية السل الكا ذب مقارنة مع العزلة المرجعیة ( 20689 البلمرة المتسلسل المتعدد، أختیرت عزلة لإجراء إختبار البلمرة المتسلسل المفرد للثلاث بادئات المتخصصة لاختبارتطابق الجینات ومقارنتھا مع عزلات بنك الجینات. وجدت العزلة إحتوائھ ا على الجینات الثلاثة .(strainPA وكذلك أثبتت مطابقتھا لعزلات بنك الجینات بنسبة 100 % للعزلة شبیھة السل الوتدیة ( 08 الرحلان الكھربائي لھلام الأكریلاماید المتعدد المستخدم لتحدید خطوط البروتین أوضحت التشابھ والإختلاف لعدد 16 عزلة مقارنة مع العزلة المرجعیة حیث أوضحت تشابھھا مع العزلة المرجعیة كما كل العزلات تتشابھ فى الحزم البروتینیة الاساسیة ولكنھا تختلف فى الحزم البروتینیة الثانویة.أعطت خطوط البروتین للعزلات المحددة حوالي 12 حزمة بروتینیة ،معظم الخطوط ذات كتل جز ئ يیة تتراوح بین 20 و 245 كیلودالتون. أثبتت الدراسة أن كل عزلات البكتریا الوتدیة شبیھة السل الكا ذب تحتوي علي عامل الضراوة الاساسي الفوسفات الدھنیة وذلك بإستخدام تقنیات الإحیاء الجزئیة والرحلان الكھربائي لھلام الاكریلاماید المتعدد. ثلاث عزلات أستخدمت لإجراء الإمراضیة في الفئران البیضاء بعد الحقن تحت الجلد . أنتجت عزلات البكتریا الوتدیة شبیھة السل آفات في مكان الحقن وفي الأعضاء الداخلیة في الكبد والرئات والكلي. أوضحت نتائج الفحص النسیجي وجود نخر وتكون الخراجات الصغیرة والمبدئیة وكذلك تجمعات من الخلایا الالتھابیة وحیدة النواة(اللمفاویة والبلعمیة). الأفات النسیجیة التي تمت ملاحظتھا في الفئران المصابة تشبھ تلك التي سجلت في الضأن المصابة تجریبیآ ال ب ك بتر ا ي الوتدیة شبیھة السل الكاذب. التطعیم باللقاحات یعتبر الخطة الاساسیة للتحكم في إلتھاب العقد اللمفیة التجبني للضأن في السودان. ھذه الدراسة أكدت أن كل العزلات تتشابھھا وإحتوئھا على الفوسفات الدھنیة وإفادة للنتائج یوصي بإستخدام C. pseudotuberculosis ((Elmaani strain ID: MG69244.0, ID: MG69244.1, العزلة المختارة لإنتاج اللقاح في السودان. ID:MG69244.2))
  • Item
    Molecular Characterization of Methicillin Resistant Staphylococcus aureus Isolated from Liver Abscesses of sheep Slaughtered in Khartoum State
    (UniversityofKhartoum, 2019) Amani Mohamed Salama Alboshra
    ABSTRACT Methicillin-resistantStaphylococcusaureus(MRSA)posesaserious problem forprevention,controlandantibiotictreatmentofinfections causedbyit.Manyfood-borneillnessescausedbyMRSAwerereported worldwide.ThisstudyaimedatinvestigatingthepresenceofMRSAin sheepliverabscessesbecauseSudanesetraditionallyconsumerawliversof sheep.Atotalnumberof100liverabscesseswerecollectedfrom sheep slaughteredinabattoirsinKhartoumStateandsubjectedtoconventional bacteriologicaltestsforisolationofstaphylococciandfurtherPCRfor confirmationofidentificationandcharacterizationofS.aureusisolates.Out of110Gram-positivecoccibacterialisolates,30werecoagulasepositive, outofwhich13wereconfirmedasStaphylococcusspeciesbytufgene amplificationusingspecificprimers.Outofthe13tufpositiveisolates,4 wereconfirmedasS.aureusbynucgeneamplification.Whileallofthe4S. aureusisolateswere phenotypicallyresistantto methicillin (bydisc diffusionmethod–i.e.wereMRSA,only3ofthem werepositivefor methicillinresistancegenesamplification(mecAandmecC)byPCR:1was positiveformecAand3werepositiveformecCincludingthemecApositive one.TheresultsofthisstudyshowthatallS.aureusisolatedfromsheep liverabscesseswereMRSA.ThenegativePCR resultsformethicillin resistancegenesinonephenotyicallyMRSAisolateindicatesthepresence ofothernotyetidentifiedmethicillinresistancegenes.
  • Item
    Serological and Bacteriological Investigation of Camel Brucellosis in Gedarif State and its Economic Impact
    (University of Khartoum, 2016) Mahasin Mohammed Ahmed Mohammed
    Abstract: The aim of the study was to determine seroprevalence of brucellosis in camels in three localities of Gedarif State using the Rose Bengal and serum agglutination tests. Two hundred heads of adult male and female camels (dromedaries) were examined serologically, The prevalence rate was found to be 32% and its distribution in the three localities was 14% in Elfashaga, 19% in Elgoorasha and 62% in Wast-Elgadarif. Attempts were also made to isolate Brucellae from supramammary and inguinal lymph nodes of seropositive camels slaughtered in Gedarif slaughterhouse Brucella species were not isolated from lymph nodes of the seropostive slaughtered camels. This may be due to the few number of lymph nodes cultured or cross-reactions with other bacteria species caused false positive for brucellosis when screened by Rose Bengal test. On the other hand most of the camels slaughtered in Gedarif slaughter house were old and possibility clearance of infection had occurred. Analysis of data collected during survey about the economic data, revealed that there was approximately 100 % loss in milk production due to the disease and 22.82% reduction in fertility of she camels. Estimation cost of direct losses due to loss of milk, aborted calves and reduction in fertility of she camels were obtained from data through a questionnaire to camels owners was 502326 US$ while the indirect estimation cost was 130 million and 380 thousand and 589US$ as compensation for infected camels as control measures. Also the study through a questionnaire showed that rearing of different species of animals IV together and sharing each other in water point, pasture and animal‘s path beside keeping aborted and infected animals in herds these might have a considerable role in spreading the disease among camels. V دراسة مصلية وباكتريولوجية للبروسيال في اإلبل بوالية القضارف وأثرها االقتصادي ماجستير العلوم في األحياء الدقيقة محاسن محمد احمد محمد الخالصة: أجريت دراسة مصلية وباكتر يولوجية في والية القضارف في ثالث من محلياتها لمعرفة مدي انتشار البروسيال واستخدم اختبار الروز بنغال و اختبار التراص كوسائل للتشخيص. تم فحص 200 رأس من ناث ذكور وا اإلبل البالغة ) ذات السنام الواحد( سيرولوجياً وكانت نسبة اإلصابة 32 %تتوزع علي المحليات الثالث ، الفشقه 14 ،% القريشة 19 % ووسط القضارف 62 .% تمت محاولة لعزل الميكر وب من العقد الليمفية االربية وفوق الثدية للجمال الموجبة لالختبارات المصلية المذبوحة بسلخانة القضارف ولم يتم عزل الميكروب وقد يعزي ذلك إلي قلة عدد العينات التي زرعت وربما لإلصابة ببعض أنواع أخري من البكتريا التي قد تعطي نتائج موجبة للبروسيال عند الفحص باختبار الروز بنغال. مع مالحظة أن اغلب ذبيح اإلبل بسلخانة الفضارف يتم لألعمار الكبيرة في العمر وقد يؤدي هذا إلي الشفاء من اإلصابة. اظهر تحليل البيانات االقتصادية التي جمعت أثناء المسح أن الفاقد من اللبن يقارب 100 %وان انخفاض الخصوبة في اإلناث يعادل 82.22 %جراء مرض البروسيال. وأوضح االستبيان الذي وجه لمالك اإلبل أن التقدير المالي للفاقد المباشر من اللبن، الحيران المجهضة وانخفاض الخصوبة في إناث اإلبل يعادل 502326 دوالر أمريكي بينما الفاقد غير المباشر قدر بمائة وثالثون مليون وثالثمائة وثمانون ألف وخمسمائة وتسع وثمانون دوالر أمريكي كتعويض عن اإلبل المصابة كوسيلة للتحكم بالمرض. كما أوضحت الدراسة عبر االستبيان أن العوامل التي تؤثر علي انتشار المرض تتمثل في التربية المختلطة ألنواع الحيوانات المختلفة بجانب احتكاك اإلبل مع الحيوانات االخر ي في نقاط المياه، المرعي ومسار الحيوان إلي جانب عدم التخلص من الحاالت الموجبة واالحتفاظ بها داخل القطيع
  • Item
    Isolation and Identification of Bacteria from the Conjunctival Sac of the Horses with a Special Reference to Moraxella Species
    (University of Khartoum, 2019) Alaa Osman Omer Osman
    Abstract This study aimed to isolate and identify bacteria that associated eye infection in horses in Khartoum state. A total of one hundred eye swabs were collected from 55 healthy and infected horses. The Horses were cross breed of ages ranging between 6 months to 3 years, both male and female. Each eye was considered as a separate sample. The collection of specimens was done during the period of October 2016 to January 2017. Samples were transferred in an ice box and delivered to the Department of Microbiology. Faculty of Veterinary Medicine, University of Khartoum within two hours of collection. Swabs were subjected to bacteriological procedures. Different types of bacteria were isolated from (91%) of the horses examined by using conventional bacteriological procedure. Nine (9%) did not show any growth. This could be due to previous administration of antibiotic. The Gram-positive isolated bacteria were: Staphylococcus spp. (21%), Streptococcus spp. (13%), Micrococcus spp. (12%), Bacillus spp. (11%), Aerococcus spp. (6%) and Corynobacterium spp. (4%). The Gram-negative bacteria isolated were Neisseria spp. (14%), Moraxella spp. (5%), Haemophilus spp. (2%), Branhemella spp. (2%) and Pseudomonas spp. (1%). One of the most important result was the isolation of Moraxella osloensis from the eyes of some infected horses with variation in symptoms from hyperemia to complete blindness in a few cases. Moraxella osloensis constituted (3%) of all isolates and (12.5%) of Gram-negative bacteria. iv Moraxella osloensis, although was never isolated but from man. Kawther and El-sanousi (2001) as well as in this study succeeded in isolation of this organism from horses. This might indicate that the horses could be the reservoir for this bacteria and the source of infection for man. Although the presence of Moraxella in the investigated samples was not significant but this confirms that Moraxella may occur in winter but in a few cases since the disease is more frequent in summer due to climate condition, flies and dust and this study was conducted in cold weather free from dust and flies that reduce its spread. Bacterial sensitivity test was carried according to Kirby Baur method. Sensitivity of all isolates to the antibiotic used: Amikacin, Ceftazidine, Chloramphenicol, Aztreonam, Tetracycline, Piperacillin, Imipenem and Ciprofloxacin. Moraxella were found to be sensitive for chloramphenicol followed by ciprofloxacin and tetracycline. It is concluded from this study that horses might carry in their eyes bacteria that constitute a source of infection for man. It is recommended that more studies should be conducted, concerning the eye infection in horses in all season.
  • Item
    Production of Mono-specific Antibodies against Hemagglutinin-Neuraminidase (HN) Protein of Peste des Petits Ruminants Virus (PPRV)
    (University of Khartoum, 2020) Raga Hamed Ahmed Abdallah
    ABSTRACT This study was conducted to produce a mono-specific antibodies against haemagglutinin-neuraminidase (HN) protein of peste des petits ruminants (PPR) virus, and to verify the effectiveness of produced hyperimmune serum in diagnosis of PPR using serological techniques such as Agar gel immunodiffusion test (AGID). The PPR virus vaccine strain Nig.75/1 was obtained from the Central Veterinary Research laboratory (CVRL), Soba. The virus was propagated and titrated in Vero cell culture. Haemagglutinin-neuraminidase (HN) protein of PPR virus was analyzed and separated with sodium dodecylesulphate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) technique, Predicted molecular weight of PPRV (HN) protein was 67KDa. The protein fraction containing gel was fragmented by repeating passing through a syringe. Gel contained protein was prepared for rabbits immunization. The rabbits of two-month age were injected subcutaneously by HN protein fraction after mixing with saponin as adjuvant to produce mono-specific immune serum, the sera were collected weekly for a month. Then sera were tested for the presence of mono-specific antibodies against PPR (HN) protein using AGID test using PPR field strain as an antigen. Results showed that the mono- specific immune serum was successfully produced against the (HN) protein instead of the whole virus and this was considered specific serum for diagnosis of PPR with no crossreactivity with any related viruses. To assure this, the product was examined with related viruses that induce similar symptoms such as Bluetongue and Sheeppox viruses, all these showed specificity and accuracy of the adopted technique. So, it can be concluded that mono-specific antibodies serum of PPRV HN protein is more sensitive and specific for PPR diagnosis instead of hyperimmune serum of the whole PPR virus. Also it can be adopted in any serological test and vaccine evaluation. المستلخص أجريت هذه الدراسة لانتاج أجسام مضادة اَحادية النوعية ضد بروتين هيموغلوتنين – نيوراماينديز(HN) لفيروس طاعون المجترات الصغيرة (PPRV), وللتحقق من فعالية الاجسام المضادة المنتجة في تشخيص PPR باستخدام اختبار الانتشار المناعي لهلام الجل (AGID). تم الحصول على سلالة لقاح فيروس طاعون المجترات الصغيرة Nig.75/1m من المعمل المركزي للبحوث البيطرية (CVRL) سوبا. وتم اكثار الفيروس ومعايرته في خلايا (فيرو). تم تحليل بروتين هيموغلوتنين – نيوراماينديزلفيروس PPRوفصله بأجراء تقنية الترحيل الكهربائي للجل ب(SDS-PAGE), الوزن الجزيئي المتوقع للبروتين هو(67) كيلودالتون. تم تجزئة هلام الجل المحتوي علي البروتين بتكرارتمريره من خلال حقنة. تم تجهيز الجل المحتوي علي البروتين لتحصين الأرانب.حقنت أرانب عمر شهرين تحت الجلد ببروتين (HN) بعد خلطه بمساعد السابونين لانتاج الاجسام المضادة أحادية النوعية, تم جمع الامصال اسبوعياً لمدة شهر. فحصت الامصال باستخدام (AGID) لاظهار وجود اجسام مضادة ضد بروتين (HN) لفيروس PPR وباستخدام سلالة فيروس PPRالحقلي كمستضد .أظهرت النتائج ان االاجسام المضادة أحادية النوعية المنتجة قد أنتجت بنجاح ضد بروتين (HN) بدلا من الفيروس الكامل ,وهذا يعتبر مصل خاص لتشخيص PPRمع عدم وجود تفاعل متبادل مع اي فيروسات ذات صلة ولتأكيد ذلك تم اختبار المنتج مع الفيروسات ذات الصلة التي تسبب أعراضاً متماثلة ، فيروسات اللسان الازرق (Bluetongue) و جدري الاغنام (Sheeppox). وهذا يظهر دقة وخصوصية التقنية المعتمدة. خلصت الدراسة الي أن الأجسام المضادة اَحادية النوعية ضد بروتين (HN) لفيروس طاعون المجترات الصغيرة (PPRV) أكثر حساسية وخصوصية في تشخيص طاعون المجترات الصغيرة (PPR) بدلاً من الأجسام المضادة ضد الفيروس الكامل. أيضاً يمكن اعتمادها في الاختبارات المصلية وتقييم اللقاح.