University of Khartoum

Detection of CTX-M, TEM and SHV Genes in Gram Negative Bacteria Isolated From Nosocomial Patients at Port Sudan Teaching Hospital

Detection of CTX-M, TEM and SHV Genes in Gram Negative Bacteria Isolated From Nosocomial Patients at Port Sudan Teaching Hospital

Show simple item record

dc.contributor.advisor Al-Fadhil Al-Obeid Omer en_US
dc.contributor.author Osman, Abdelrahman Mustafa Abdelrahman
dc.contributor.other Microbiology en_US
dc.date 2016
dc.date.accessioned 2017-05-18T11:32:47Z
dc.date.available 2017-05-18T11:32:47Z
dc.date.submitted 2017
dc.identifier.uri http://khartoumspace.uofk.edu/123456789/25019
dc.description.abstract Background Bacteria from clinical and non-clinical settings are becoming increasingly resistant to conventional antibiotics and broader information-control problem. Patients admitted to hospitals for the treatment of resistant bacterial infections are adding to the already too high costs of healthcare and are a source of resistant bacteria and/or resistance-encoding genes. Methodology This was a descriptive, cross-sectional study, conducted from 2011 to 2014 among hospitalized patients suffering from Gram negative bacilli infection. Four hundred specimens were collected. Isolation and identification of pathogenic bacteria were carried out following standard laboratory procedures including API 20 E identification system. All isolates were tested to 14 types of commonly antimicrobial uses. Identification of ESBLs production was performed by the double disk synergy test and double disk diffusion test. ESBLs positive specimens were tested for the presence of ESBLs encoding genes using PCR with specific primers for the detection of CTX-M, TEM and SHV genes. Results were analyzed using (SPSS). Results One hundred ninety eight types of pathogenic Gram negative bacilli were isolated. The major isolates were Escherichia coli (44.9%), followed by Klebsiella pneumoniae (23.2%) and the least Gram negative bacilli isolated were Klebsiella oxytoca, Serratia marcescens, Morganella morganii, Salmonella paratyphi A and Citrobacter koseri (0.5%). ESBLs producing bacteria were Escherichia coli (63.6%). The result of the antimicrobial susceptibility testing showed that amikacin was most effective drug (96.6%) followed by chloramphenicol (63.6%). While the maximum resistance rate (100%) was detected against ceftriaxone, ciprofloxacin and tetracycline. The presence of ESBL genes was detected in Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Serratia odotifera and Enterobacter sakasaki. Conclusion The frequency rate of ESBL-producing Gram-negative bacilli in the population of Red Sea State is higher than that prevalent in other countries. The commonest ESBL gene in this population was CTX-M gene followed by TEM gene and SHV gene. The double-disc synergy and double disk diffusion tests are reliable for detection of bacterial ESBL production. en_US
dc.language.iso en en_US
dc.publisher University of Khartoum en_US
dc.subject CTX-M, TEM , SHV Genes en_US
dc.subject Gram Negative Bacteria en_US
dc.subject Nosocomial Patients en_US
dc.subject Port Sudan Teaching Hospital en_US
dc.title Detection of CTX-M, TEM and SHV Genes in Gram Negative Bacteria Isolated From Nosocomial Patients at Port Sudan Teaching Hospital en_US
dc.type Thesis en_US
dc.Degree Ph.D en_US
dc.Faculty Medical Laboratory Sciences en_US
dc.description.arabic-abstract الخلفية صارت الجراثيم الطبية ذات قدرة فائقة علي مقاومة العقاقيرالشائعة الاستخدام، وتسببت في الكثير من العقبات لمكافحة الامراض. وادخال المرضي الي المستشفيات للعلاج من اًمراض هذه الجراثيم زاد العبء المالي علي السلطات الصحية، واصبحت هذه الجراثيم مصدراُ للجينات التي تسبب المقاومة الجرثومية للعقاقير. المنهجية في هذه الدراسة الوصفية المستعرضة التي اجريت في الفترة من سبتمبر ٢٠١١ الي سبتمبر٢٠١٤ لمرضي بمستشفي بورتسودان التعليمي قد يعانون من التهابات بعصيات سالبة لصبغة الغرام . تم جمع 400 عينة سريرية وتم عزل البكتيريا الممرضة منها باستخدام طرق مخبريه قياسية شملت الAPI 20E ، وبعد التاكد من نوعية هذه الجراثيم المعزولة تم اختبار حساسيتها ل١٤ عقاراً من المضادات الحيوية الشائعة الاستخدام في المستشفيات .وبعد ذلك تم الكشف عن انزيم البيتالاكتاماز الممتد الطيف باستخدام تقنية القرص المزدوج وتقنية القرص المنتشر. ثم خضعت كل البكتيريا الموجبة لانزيم البيتالاكتاماز الممتد الطيف لدراسة جينية عن طريق تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل وتقنية التسلسل الجيني باستخدام جينات ,CTX-M TEM و SHV. وتم تحليل النتائج احصائياً بواسطة برنامج (SPSS). النتائج من كل العينات التي جمعت تم عزل 198 نوع من العصيات الممرضة سالبة الجرام . و كانت أعلي نسبة تم عزلها بكتريا الاشريكية القولونية ( % ٤٤٫٩) تلتها الكليبسيلة الرئوية (% ٢٣٫٢). وكانت أقل نسبة عزلت (0.5%) هي بكتريا الكليبسيلة الاكسوتوكية والسراتية الذابلة والمورقنيلة المورقانية والسالمونيلة الباراتيفويدية والليمونية الكوسرية. وكانت النسبة الكلية للجراثيم المفرزة لانزيم البيتالاكتاماز الممتد الطيف هي ٤٤٫٤% . وكان اكثرهذه الجراثيم افرازاً الاشريكية القولونية (٦٣٫٦%) . واظهرت نتائج اختبار الحساسية للمضادات الحيوبة ان عقار الاميكاسين اكثر مضاد حيوي فعال (٩٦٫٦%) يليه عقار الكلورامفنيكول (٦٣٫٦%) . بينما قاومت الجراثيم المعزولة العقاقير: السيفترياكسون والسيبروفلوكساسين والتيتراسايكلين بنسبة ١٠٠%. وقد اوضحت الدراسة ان الجينات الحاملة لانزيم البيتالاكتاماز الممتد الطيف قد تم التعرف عليها عند جراثيم الاشريكية القولونية والكليبسيلة الرئوية والمتقلبة الرائعة والسراتية الا ودوفيرية والامعائية الساكاساكية. الخلاصة ان نسبة انتشار إنزيم البيتالاكتاماز الممتد الطيف بين انواع العصيات سالبة الجرام تعتبر عاليةاً عند مواطني ولاية البحر الاحمر مقارنة ببعض الدول الاخرى. كما نسبة انتشار جين CTX-M)) كانت الاعلي بين هؤلاء المواطنين تلتها جين TEM)) وجين SHV)) . طريقة القرص المزدوج وطريقة القرص المنتشر يمكن استخدامهما للتعرف على انزيم البيتالاكتاماز الممتد الطيف. en_US

Files in this item

Files Size Format View

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Share

Search DSpace


Browse

My Account