University of Khartoum

Predisposing Immunogenetic Factors To Type I Diabetes Mellitus Among Saudis In Riyadh Area, Saudi Arabia

Predisposing Immunogenetic Factors To Type I Diabetes Mellitus Among Saudis In Riyadh Area, Saudi Arabia

Show simple item record

dc.contributor.author Elsheikh, Nezar Abdullah Eltayeb
dc.date.accessioned 2019-11-03T07:28:39Z
dc.date.available 2019-11-03T07:28:39Z
dc.date.issued 2018
dc.identifier.uri http://khartoumspace.uofk.edu/123456789/27398
dc.description 195 Pages en_US
dc.description.abstract Background: Type 1 diabetes (T1D) is an autoimmune cell-mediated disorder characterized by destruction of insulin-producing beta cells in the pancreas leading to insulin deficiency and serious complications if untreated. Studies implicated a crucial role of genetic factors coupled with environmental triggers in T1D etiopathology. The aim of this study was to investigate the association of HLA class I (HLA-A, HLA-B, and HLA-C), HLA class II (HLA-DRB1, HLA-DQA1, and HLA-DQB1), PTPN-22, CTLA-4, and IL-2RA with T1D in Saudi Children. Materials and Methods: Two hundred and seventy-nine Saudi T1D patients and 424 healthy controls were enrolled in this study. This was a case-control study carried out at King Fahad Medical City, Riyadh, Saudi Arabia between July 2012 and July 2016. Genotyping was performed using reverse sequence-specific oligonucleotide (rSSO) assay using Luminex flow method and TaqMan® assay using real-time polymerase chain reaction (PCR). Allele, haplotype, and genotype frequencies for T1D cases and controls were calculated by direct counting using iterative expectation maximization (EM) algorithm for unknown gametic phase featured by Arlequin software package version 3.5. T1D risk assessment was determined by p-values, Odds ratios (OR) maximum likelihood, and 95% confidence intervals (CI) using SAS software statistical package version 9.3. P-value < 0.05 was set to be significant throughout the study. Results: DR3 and DR4 class II haplotypes were positively associated with T1D (P-values < 0.0001), whereas DR7, DR13, and DR15 haplotypes were negatively associated with T1D (P-values < 0.0001). HLA-A*24-B*08-C*07, HLA-A*68-B*35-C*04, and HLA-A*68-B*08-C*07 class I haplotypes conferred susceptibility to T1D (P-values ≤ 0.002), whereas HLA-A*31-B*51-C*15, and HLA-A*02-B*51-C*16 were protective (P-values ≤ 0.006). HLA-A*24-B*08-C*07-DR3 and HLA-A*68-B*08-C*07-DR3 extended haplotypes have shown positive association with T1D (P-values ≤ 0.0006) in the present study, while HLA-A*02-B*50-C*06-DR7, HLA-A*31-B*51-C*15-DR13, and HLA-A*02-B*07-C*07-DR15 were protective (P-values ≤ 0.01). DR3/DR4, DR3/DR3, and DR4/DR4 genotypes conferred susceptibility to T1D in this study (P-values < 0.0001), whereas DR7/DR13, DR7/15, DR3/DR15, and DR13/DR15 genotypes exerted protection (P-values ≤ 0.032). IL-2RA (rs3118470) C allele was susceptible to T1D in the present study, whereas T allele was protective (P-values < 0.0001). On the other hand, IL-2RA (rs3118470) CC genotype was susceptible to T1D, while TT was protective (P-values ≤ 0.0009). CTLA-4 (rs5742909) TT genotype was positively associated with T1D (P-value = 0.04), whereas CT genotype was protective (P-value = 0.007). IL-2RA (rs706778) CT genotype was susceptible to T1D (P-value = 0.006), but neither alleles nor genotypes of PTPN-22 (rs2476601) were shown any association with T1D in this study. Conclusion: HLA (class I and class II), IL-2RA (rs3118470) and CTLA-4 (rs5742909) polymorphisms were associated with T1D among Saudis. No association between PTPN-22 (rs2476601) and T1D could be shown. en_US
dc.language.iso en en_US
dc.publisher University of Khartoum en_US
dc.subject Saudi Arabia; American Diabetes Associations; Human Leukocyte Antigen en_US
dc.title Predisposing Immunogenetic Factors To Type I Diabetes Mellitus Among Saudis In Riyadh Area, Saudi Arabia en_US
dc.type Thesis en_US
dc.Degree Ph.D
dc.Supervisor Eltahir Awad Gasim Khalil,
dc.co.Supervisor Geyhad Eltayeb ElGhazali,
dc.description.arabic-abstract الخلفية: يحدث النوع الأول من داء السكرى نتيجة لإضطراب فى المناعة الذاتية يتسبب فى تدمير خلايا بيتا المنتجة للإنسولين فى البنكرياس. ينتج عن ذلك نقص الإنسولين الذى يؤدى بدوره الى مضاعفات خطيرة إذا لم يتم علاجه. أثبتت الدراسات أن للعوامل الوراثية و البيئية دورا هاما فى حدوث المرض. كان هدف الدراسة البحث عن مدى وجود روابط بين الأنماط الجينية فى نظام التوافق النسيجى و مستقبل ألفا للانترليوكين رقم 2 و بروتين رقم 4 المرتبط بخلايا تاء الليمفاوية السامة و بروتين تيروسين الفوسفتيز غير المستقبل رقم 22 و بين النوع الأول من داء السكرى لدى الأطفال السعوديين. المواد والطرق: شارك مائتان و تسعة و سبعون مريضا و أربعمائة و أربعة و عشرون صحيحا فى هذه الدراسة. هذه دراسة حالات إفرادية مقترنة بحالات ضابطة شملت مراجعى مدينة الملك فهد الطبية فى الرياض بالمملكة العربية السعودية فى الفترة ما بين يوليو 2012 و يوليو 2016م. تم إختبارالجينات المستهدفة فى الأحماض النووية للمشاركين فى الدراسة بطريقة تقنية تفاعل البلمرة التسلسلى باستخدام برنامج التدفق الخلوى للومينيكس و طريقة تاكمان لتفاعل البلمرة التسلسلى الآنى. تم إحتساب معدلات الأنماط الجينية للمصابين و الأصحاء عن طريق الحساب المباشر بإستخدام الإصدار رقم 3.5 من برنامج آرليكوين ثم تقييم المخاطر للنوع الأول من داء السكرى باستخدام الإصدار رقم 9.3 لبرنامج ساس الإحصائى. النتائج: توصلت الدراسة الى تواجد عدة أنماط جينية فى نظام التوافق النسيجى بنسب عالية جدا لدى المصابين بداء السكرى مقارنة برفقانهم الأصحاء. و لذلك يكون إحتمال الإصابة بالمرض لحاملى هذه الأنماط كبيرا جدا. و تشمل هذه الأنماط الآتى: DR3, DR4, DR3/DR3, DR4/DR4, DR3/DR4, HLA-A*24-B*08-C*07, HLA-A*68- B*35-C*04, HLA-A*68-B*08-C*07, HLA-A*2-B*08-C*07-DR3, and HLA-A*68 -B*08-C*07-DR3 فى المقابل وجدت الدراسة أن هنالك أنماط جينية أخرى فى نفس النظام تتواجد بنسب عالية جدا لدى الأصحاء مقارنة بالمرضى مما يدل على إنخفاض إحتمال الإصابة بالمرض لحاملى هذه الأنماط بشكل كبير و بالتالى إرتفاع نسبة الوقاية من المرض لديهم. و تشمل هذه الأنماط الآتى: DR7, DR13, DR15, DR7/DR13, DR7/DR15, DR3/DR15, DR13/DR15, HLA-A*31-B*51-C*15, HLA-A*02-B*51-C*16, HLA-A*68-B*51-C*15, HLA-A*02-B*50-C*06-DR7, HLA-A*31-B*51-C*15 -DR13, and HLA-A*02-B*07-C*07-DR15. كذلك خلصت الدراسة الى وجود تباين فى معدلات الأنماط الجينية بين المرضى و الأصحاء فى الجينات التالية: بروتين رقم 4 المرتبط بخلايا تاء الليمفاوية (رس5742909) و مستقبل ألفا للانترليوكين رقم 2 (رس311847 ). حيث توصلت الدراسة الى وجود النمطين СС و С لمستقبل ألفا للانترليوكين رقم 2 (رس3118470) بنسبة مرتفعة جدا عند المصابين مقارنة بالأصحاء مما يشير إلى إرتفاع إحتمالية الإصابة بالمرض لحامله. بينما وجدت الدراسة أن نسبة النمطين T و TT لذات الجين (رس3118470) مرتفعة جدا عند الأصحاء مقارنة بالمصابين مما يدل على إرتفاع معدل الوقاية من المرض لحامليها. كما توصلت الدراسة أن نسبة النمط TT مرتفعة لبروتين رقم 4 المرتبط بخلايا تاء الليمفاوية (رس5742909) لدى المرضى مقارنة بالأصحاء مما يدل على إزدياد إحتمال الإصابة بالمرض لحامليه بنسبة كبيرة. بينما وجدت الدراسة أن نسبة النمط СT لذات الجين (رس5742909) مرتفعة عند الأصحاء مقارنة بالمصابين مما يدل على إرتفاع معدل الوقاية من المرض لحامليه. من جهة أخرى وجدت الدراسة أن نسبة النمط СT لنسخة أخرى من مستقبل ألفا للانترليوكين رقم 2 (رس706778) مرتفعة عند المصابين مقارنة بالأصحاء مما يدل على إزدياد إحتمال الإصابة بالمرض لحامليه. لم تجد هذه الدراسة رابط بين النوع الأول لداء السكرى و الجين المشفر لبروتين تيروسين الفوسفتيز غير المستقبل رقم 22 (رس2476601). الخلاصة: هنالك إرتباط وثيق بين جينات نظام التوافق النسيجى (НLA) وبعض الأنماط الجينية لمستقبل ألفا للانترليوكين رقم 2 (رس 3118470 و رس706778) و بروتين رقم 4 المرتبط بخلايا تاء الليمفاوية السامة (رس5742909) و النوع الأول من داء السكرى لدى السعوديين. لا توجد علاقة بين النوع الأول من داء السكرى و الجين المشفر لبروتين تيروسين الفوسفتيز غير المستقبل رقم 22 (رس2476601).

Files in this item

Files Size Format View

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Share

Search DSpace


Browse

My Account