University of Khartoum

Assessment of Three Real-time Polymerase Chain Reaction Assays for Diagnosis of Hepatitis B, C and Human Immunodeficiency Virus Type-1 among Blood Donors in Khartoum State-Sudan

Assessment of Three Real-time Polymerase Chain Reaction Assays for Diagnosis of Hepatitis B, C and Human Immunodeficiency Virus Type-1 among Blood Donors in Khartoum State-Sudan

Show simple item record

dc.contributor Baha Eldin Khalid Elamin en_US
dc.contributor.advisor Ahmed Kamal Awadalla Bolad en_US
dc.contributor.author MOHAMMED, ELMOEIZ ALI ELNAGI
dc.contributor.other Hematology & Immunohematology en_US
dc.date 2018
dc.date.accessioned 2020-01-14T07:18:10Z
dc.date.available 2020-01-14T07:18:10Z
dc.date.submitted 2020
dc.identifier.uri http://khartoumspace.uofk.edu/123456789/27444
dc.description.abstract Background: Careful screening of donated blood is mandatory and crucial. The tests that currently used for the detection of HBV, HCV and HIV-1 are primarily serological that use an enzyme-linked immuno-sorbent assay (ELISA). The ELISA test is cost-effective compared to molecular testing as it’s cheaper by 40%, however, it has some disadvantages such as missing of infected individuals during the serological window period and antibody cross-reactivity that may lead to false positive tests. Therefore, molecular techniques are more reliable and sensitive. In addition, molecular techniques have the capability to detect viral nucleic acid which minimizes the danger of transmitting serious diseases through blood transfusion. Objectives: The aim of this study was to assess the efficacy and the analytical performance of three commercial real-time PCR assays for diagnosis and quantification of HBV (DNA), HCV (RNA), and HIV-1 (RNA) in plasma samples from the blood donors of the central blood bank and national health laboratory in Khartoum state. Material and methods: This cross-sectional analytical study was conducted in Elzahrawi medical laboratory and Aliaa specialist hospital laboratory at Khartoum, during the period between 2014 and 2018. A total of 45896 plasma samples from apparently healthy donors were tested serologically by ELISA for the detection of HBV, HCV, and HIV-1. Out of these, 990 blood donors were randomly selected and included in this study. For each of HBV, HCV, and HIV-1, a total of 330 blood donors (including 200 serologically positive blood donors and 130 serologically negative blood donors as control) were tested by three different commercial real-time PCR assays that included genesig® real-time PCR Diagnostic assay, Sansure Quantitative Diagnostic assay, and RealMOD™ Green Real-time PCR Diagnostic assay. The statistical analysis of the data was performed and analyzed by SPSS version 23 using descriptive statistics, linear regression analysis & Pearson correlation coefficient, ANOVA, and post-hoc test. Results: The results of the three real-time PCR assays yielded a broad range of detection for all the three viruses and had specificities of 100%. The analytical sensitivity (the lower limit of detection) of the three real-time PCR assays for HBV DNA used in this study (genesig® real-time PCR advanced detection Kit, Sansure quantitative fluorescence diagnostic Kit, and RealMOD™ Green Real-time PCR diagnostic kit) were 250 copies/ml (56 IU/ml), 500 copies/ml (111 IU/ml), 500 copies/ml (111 IU/ml) respectively. For HCV RNA it was estimated to be <100 copies/ml (<40 IU/ml) for all three assays; and for HIV-1 RNA it was estimated to be 100 copies/ml for all three assays also. These assays showed similar specificity with excellent reproducibility and their results were also in agreement; however, non-significant underestimation of DNA levels could be present in the third assay (RealMOD™ Green Real-time PCR). Conclusion: In conclusion, the three real-time PCR assays gave an excellent agreement for 99.9% of the samples. In addition to that, they demonstrate a very good analytical sensitivity, great reproducibility, 100% specificity, broad linear quantitative range, and proved to be satisfactory for routine laboratory diagnosis of the three viruses (HBV, HCV, and HIV-1). en_US
dc.language.iso en en_US
dc.publisher University of Khartoum en_US
dc.subject Hepatitis B, C; Human Immunodeficiency Virus Type-1; Blood Donors; Khartoum State;Sudan en_US
dc.title Assessment of Three Real-time Polymerase Chain Reaction Assays for Diagnosis of Hepatitis B, C and Human Immunodeficiency Virus Type-1 among Blood Donors in Khartoum State-Sudan en_US
dc.type Thesis en_US
dc.Degree Ph.D en_US
dc.Faculty Medical Laboratory Sciences en_US
dc.description.arabic-abstract خلفية: الفحص الدقيق لدم المتبرعين أمر ضروري و إلزامي. الإختبارات المستخدمة للكشف عن فيروس التهاب الكبد "ب" ، وفيروس التهاب الكبد "ج" وفيروس نقص المناعة البشرية - 1 هي في الغالب إختبارات مصلية مبنية على مبدأ المقايسة المناعية المرتبطة بالإنزيم (ELISA). هذه الإختبارات المصلية تتميز بقلة التكلفة مقارنةً بالإختبارات الجزيئية حيث أنها أرخص بنسبة 40 %. ولكن المقايسة المناعية المرتبطة بالإنزيم (ELISA)تشتمل على عيوب مثل الفشل في تشخيص الأفراد المصابين الواقعين ضمن فترة النافذة المصليةو الأجسام المضادة متداخلة التفاعل(Cross-reactivity) و التي قدتؤدي إلى اختبارات إيجابية خاطئة. بناءً على ذلك فإن التقنيات الجزيئية أكثر موثوقية ودقة حيث تمتلك تلك التقنيات الجزيئية القدرة على اكتشاف الحمض النووي الفيروسي مقللة من خطر نقل الأمراض الخطيرة عبر نقل الدم. الأهداف: كان الهدف الرئيسي من هذه الدراسة هو تقييم الفعالية والأداء التحليلي لثلاث اختبارات تجارية مبينة على تفاعل البلمرة المتسلسل - الوقت الحقيقي- لتشخيص وقياس الحمض النووي لفيروس التهاب الكبد "ب" ، وفيروس التهاب الكبد "ج" وفيروس نقص المناعة البشرية – 1 في عينات البلازما من المتبرعين بالدم في بنك الدم المركزي ومختبر الصحة الوطنية (معمل استاك) في ولاية الخرطوم. المواد والطرق: أجريت هذه الدراسة التحليلية المستعرضة في معمل الزهراوي الطبي ومختبر مستشفى علياء التخصصي بالخرطوم ، خلال الفترة بين عامي 2014 و 2018. تم اختبار 45896 عينة بلازما من متبرعين ظاهريا أصحاءمصليا بواسطة فحص الELISA متبوعا باختبارات تأكيدية. من بين هؤلاء ، تم اختيار 990 متبرع بالدم بشكل عشوائي وتضمينهم في هذه الدراسة. تم اختيار مجموعة مكونة من 330 متبرع بالدم، على أن يكون 200 متبرع بالدم إيجابي و 130 متبرع سلبي النتيجة لكل فيروس من الفيروسات السابقة. بعد ذلك تم فحص تلك العينات باستخدام ثلاث اختبارات تجارية مبينة على تفاعل البلمرة المتسلسل - الوقت الحقيقي- وهم (genesig® real-time PCR)، (Sansure Quantitative) و(RealMOD™ Green Real-time PCR). بعد ذلك تم اجراء التحليل الإحصائي للبيانات المتحصل عليها بواسة برنامج (SPSS) الاصدار 23 لعمل الاحصاء الوصفي واختبارات معامل الارتباط (Pearson Correlation) و تحليل التباين الاحادي (ANOVA) والمقارانات البعدية (POST-HOC). النتائج: أوضحت نتائج الإختبارات الجزيئية الثلاثة باستخدام ثلاث اختبارات تجارية مبينة على تفاعل البلمرة المتسلسل - الوقت الحقيقي عن نطاق كشف واسع في الفيروسات الثلاثة وكانت دقة الكشف 100٪. فيما كانت الحساسية التحليلية (الحد الأدنى للكشف) لتلك الاختبارات المستخدمة في هذه الدراسة وهم (genesig® real-time PCR)، (SansureQuantitative) و(RealMOD™ Green Real-time PCR) لفيروس التهاب الكبد "ب" هي 250 نسخة / مل (56 وحدة دولية / مل) ، 500 نسخة / مل (111 وحدة دولية / مل) ، 500 نسخة / مل (111 وحدة دولية / مل) على التوالي. أما بالنسبة لفيروس التهاب الكبد "ج" فكانت الحساسية التحليلية هي < 100 نسخة/ مل (<40 وحدة دولية / مل) لجميع الاختبارات الثلاثة. وبالنسبة لفيروس نقص المناعة البشرية - 1 فقد كانت النتيجة (100 نسخة / مل) لكل الإختبارات الثلاثة أيضاً. وأظهرت هذه الاختبارات دقة فحص متماثلة مع قدرة عالية لإستنساخ نتائج متطابقة مع وجود فرق غير ذا أهمية إحصائية في الاختبار RealMOD™ Green Real-time PCR)). الخلاصــــــــة: ختاماً، اعطت الإختبارات الجزيئية الثلاثة باستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل - الوقت الحقيقي - موافقة ممتازة بنسبة 99.9 ٪ في العينات. بالإضافة لحساسية تحليلية عالية وقدرة استنساخ كبيرة وكذلك دقة بنسبة 100٪ في نطاق كشف واسع للفيروسات الثلاثة. وثبتت أنها مناسبة للتشخيص المخبري الروتيني للفيروسات الثلاثة (فيروس التهاب الكبد "ب" ، وفيروس التهاب الكبد "ج" وفيروس نقص المناعة البشرية – 1). en_US

Files in this item

Files Size Format View

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Share

Search DSpace


Browse

My Account